明鄭時期 1662 ~ 1683

明永曆十五年(公元一六六一年)鄭成功驅荷蘭人領有台灣，於十二月 三日祀山川神祇，以陳永華為謀主，闢荒，設官制改台灣為「東都」，改赤嵌樓為「水天府」，以熱蘭遮城為「安平鎮」，以舊荷蘭政廳為王府，北路一帶置「天興縣」(當時之開化里，今之佳里地方)，南路一帶置「萬年縣」(今之鳳山地方)，並於澎湖設安撫司，以創設台灣設置郡縣之始。

更以周全斌總督承天府南北兩路，任官撫番，振飭綱紀，立法嚴明，愛民如子，因此，閩南沿海移民，聞風而至者甚多，時琉球嶼隸屬於萬年縣治之行政區域。

明永曆十六年(清康熙元年、公元一六六二年)成功薨，世子經繼立，仍懷復明之志，於永曆十八年(清康熙三年、公元一六六四年)改東都為「東寧」，改天興、萬年二縣為二州，設安撫司於南(鳳山地方)北(嘉義地方)二路及澎湖劃府治為四坊，坊置簽首，理民事，制酃為廿四里，里置鄉長，行鄉治之制(據沈光學平台灣序)，當時琉球隸屬治於萬年縣。

鄭氏三代於台灣之郡縣建制，無疑是中華文化之一環，台灣孤懸海外，甫入版圖，立即行使郡縣制度，而消化延之，足以說明吾土吾民，血肉相承之關係。

鄭時代，實行兵屯，獎勵耕作，以限於人力，開闢區域，大玫仍以今之台南為中心，下淡水溪以南之地尚屬毒惡瘴地。其實除東港一隅及新園、萬丹之地，似有小集團漢人入墾之跡象，以及於瑯喬一帶置兵屯墾外，整個屏東平野盡為番社，三五成群，建立於山麓水涯之間，而位於東港西南海面之琉球嶼，或亦有漢人之足跡。

清領時期 1683 ~ 1895

永曆卅二年（清康熙十七年、公元一六七八年），清軍大舉進攻台灣，鄭軍雖寡不敵眾，仍奮勇抗戰一載。嗣經卒於永曆卅五年（清康熙二十年、公元一六八一年）正月，其子克塽繼位，幼弱無能，不堪統率文武幕僚，人心漸趨離散，清軍復於永曆三十七年（清康熙二十二年、公元一六八三年）福建水師提督施琅（按施琅原為鄭成功初舉義之幹部，個性倔強，不肯輕易下人，而成功則命令必求貫徹，用法極嚴，不稍寬假，二人內心各存不滿，永曆五年（公元一六五一年）因施琅捕殺一改投成功之清兵，彼此破裂，施琅父及弟顯被誅，琅則走降清軍，成為日後鄭氏之勁敵大患。）率兵攻台，鄭軍不支，終於同年七月十九日向清軍投降，鄭氏父子三代領台二十三年（公元一六六一年～一六八三年）於是告終。

一六四四年清兵入關，中國內陸連年干戈，沿海各省居民因避內亂遷台者眾，散布於台島西部一帶，少數人住在琉球嶼。康熙六十年（一七二 一年）清延平復朱一貴事件後，將琉球嶼連同卑南覓、瑯喬等地列為禁地。清同治三年（公元一八六四年）清廷設台灣府，下置台灣、鳳山、 諸羅三縣。琉球嶼屬鳳山縣管轄，嶼上設六澳、六莊，是年眾水師汎官一員、目兵二十四員，屯守於白沙尾澳，是為小琉球駐軍之始。光緒十一年，台灣著手建省，巡撫劉銘傳奏准「量丈田畝、清查賦稅」以增加稅收並藉以建立土地制度之基礎。當中經編製保甲、清丈、改賦以及發給丈單，先後歷時六年之久，當清丈完成後，鳳山縣編制有土地「簡明總括圖冊」，其時琉球與今的新園鄉，合稱「琉球新園里」。

清朝公元一六八三年領有台灣，一八九五年割予日本，前後計二百十二年。琉球嶼自公元一七二一年（康熙六十年）與卑南覓、瑯喬奉禁列為化外，禁絕漢民往來。迄一八七五年（光緒元年）行開山撫番政策時，前後凡一百五十四年，始於開放，正式納入鳳山縣治之下。

日治時期 1895 ~ 1945

光緒二十一年（日明治二十八年、公元一八九五年），日人入據台灣，六月十七日行始政典禮於台北市，設總督於善後局（前台灣巡撫衙署址），以海軍上將樺山資紀為第一任總督，施行軍政，置軍政、民政兩局，地方行政，全台設三縣（台北、台灣、台南）一廳（澎湖島）。

日本佔據台灣後歷經施政上的改制

一、光緒二十一年八月改為一縣（台北）、二民政支部（台灣、台南）、一廳（澎湖島），台南民政支部下分置安平、鳳山、恆春、台東四出張所，甚時琉球隸屬於鳳山出張所。

二、光緒二十七年（日明治三十四年、公元一九零一年）廢三級制，改為總督府廳之二級制，全台島設置二十廳，將原鳳山縣轄劃分鳳山、蕃薯療（旗山）、阿猴（屏東）、恆春等四廳，而阿猴廳下分設東港、阿里港、枋寮等支廳，由警部擔任支廳長，時琉球庄改為琉球區，置區役場，隸屬阿猴廳東港支廳管轄。

三、光緒二十四年（日明治三十一年、公元一八九八年）八月卅一日，台灣總督府公保條例（按保甲制度淵源於宋朝之王安石）以十戶為甲，十甲為保，甲有甲長，保有保正，作為警察之補助機關。另就每保選拔壯丁十名，由數保聯合組織壯丁團，以輔助警察力量之不足，其實琉球嶼計置五保，並有壯丁團之設置。保甲制度一直推行至民國三十四年（日昭和二十年、公元一九四五年）台灣光復前為止，此為台灣官制及疆域變遷之第二次大改革。

四、清宣統元年（日明治四十二年、公元一九零九年）南北縱貫鐵路（台北－高雄）全線通車，對各項開發事業如製糖業、樟腦業、製茶業、製鹽業以及礦山之開發等亦漸具規模，且均為日本資本所獨佔化。時日本為取得台灣之經濟利益及配合統一政策，將前所劃分之行政區域全島二十廳縮編為十二廳（台北、宜蘭、新竹、桃園、南投、台中、嘉義、台南、阿猴、台東、花蓮港、澎湖），廳下設支廳，支廳下設街、庄、區。其時琉球嶼仍屬於阿猴廳東港支廳轄治。

五、民國九年（日大正九年、公元一九二零年）台灣首任文官總督田健次郎，一向主張文官總督制（適值第一次世界大戰後民主思潮高漲）改採同化政策，是年七月公布改定地方官制、改訂行政區域，廢廳設州。州下廢支廳設郡市，於九月間全面改制，將全台設台北、台中、台南、新竹、高雄五州，台東、花蓮港二廳及台北、台中、台南等三市，屏東地區改設四郡，設郡役所，郡有郡守，郡下則設街、庄，街有街長，庄有庄長，隸屬於高雄州。屏東地區各郡管轄如下：屏東郡－屏東街、長興庄、鹽埔庄、高樹庄、里港庄、九塊庄、蕃地。潮州郡－潮州庄、萬巒庄、內埔庄、竹田庄、新埤庄、枋寮庄、枋山庄、蕃地。東港郡－東港街、新園庄、萬丹庄、林邊庄、佳冬庄、琉球庄。恆春郡－恆春庄、車城庄、滿州庄、蕃地。於是琉球廢區役場，復又改置琉球庄，並設庄役場。迄於台灣光復再無變化。（公元一八九五年至第九次改革即公元一九二六年凡三十一年，至台灣光復即一九四五年凡五十年。）

中華民國 1945年以後

民國三十四年（日昭和二十年、公元一九四五年）八月，日本戰敗投降，十月廿五日台灣省慶祝光復，恢復省制，初設台灣省行政長官公署（首任省主席為陳儀），就原有州廳區域改設五大縣（原有之州）、三小縣（原有之廳）、九省轄市、三縣轄市。

民國三十五年一月，各縣市政府分別成立後，縣市（縣轄市）下之行政單位為區（原有的郡）、鎮、鄉（原街、庄）、里、村，並於同年六月增設山地鄉，於屏東市下設東、中、南、北四區，原屏東、潮州、東港、恆春四郡則分別改稱為區，仍因襲日據時期郡役所之轄區，除屏東市外均隸屬於高雄縣。

其實琉球遂廢庄役場而改稱琉球鄉，隸屬於高雄縣東港區署，同年一月廿五日，琉球鄉公所正式成立，由蘇法出任首任鄉長，繼而設置琉球鄉民代表會，許新登當選為第一屆主席，旋許君於十月三日轉任琉球鄉長，原鄉民代表主席缺由王海遞補之，並於同日就職。