動物資源

1.陸域動物小琉球有原始熱帶海岸森林，蘊育具有特色的野生動物。鳥類以居留性留鳥如白頭翁、綠繡眼為主；夏候鳥有黃頭鷺、家燕；冬候鳥有磯鷸、紅尾伯勞；秋冬海岸上有過境鳥如赤腹鷹、灰面鵟鷹，運氣好的話，還可以看見稀有的黑鶇。蝶類多為鳳蝶、粉蝶、蛺蝶等蝶種。夏日的時候，在小琉球美人洞、山豬溝一帶，還可看見螢火蟲飛舞。

2.潮間帶動物小琉球海域的魚類資源豐富，魚類至少有631種，軟體動物約468種。甲殼類雖然數量較少約53種，但有些種類數量可觀且色彩豐富，尤其是寄居蟹在沙灘上隨處可見，大型的陸寄居蟹則常隱身於岩壁間、礁石上。梅氏長海膽和蜈蚣櫛蛇尾匿居在潮間帶的岩縫中，是最常見的潮間帶物種。珊瑚資源亦相當豐富，整座小琉球被隆起的珊瑚礁圍繞，色彩斑斕的魚兒悠游其間，十分適合進行浮潛活動。

植物資源

因珊瑚礁地質之故，全島植物大都具有抗風、抗潮、耐鹽、耐旱等特性。蛤板灣沙灘有海灘沙地草本植物，如馬鞍藤、濱刀豆、雙花蟛蜞菊等。天台觀日台、露營區等地的海岸岩隙植物群，有台灣灰毛豆、馬氏濱藜、石蓯蓉等。海岸常綠灌叢多見於烏鬼洞、肚仔坪潮間帶等海岸叢林外側，如林投、草海桐等。